El desequilibrio de la microbiota impacta en la alteración de respuesta inmune, detonando una respuesta exagerada y descontrolada de protección. Esto se expresa como inflamación, dado a que el organismo ya no lucha contra un patógeno, sino contra el propio cuerpo.
La inestabilidad del ecosistema bacteriano podría favorecer desequilibrios o alteraciones temporales relacionadas con riesgo de inflamación.